Počítačová chemie a bioinformatika | Centrum biomedicínského výzkumu

Rychlý kontakt (ústředna)
+420 495 831 111

  • Úvod
  • Kontakty
  • mapa
  • Kariéra
  • Pro zaměstnance
eng
  • Pacient a jeho blízcí
    • Kontakty
    • Lékařská pohotovost
    • Jak se k nám dostanete
    • Hospitalizace
    • Základní a mateřská škola
    • Porod, péče o rodičky a novorozence
    • Čekací a objednací doby
    • Péče o pacienty
    • Informace pro pozůstalé
    • Hodnocení péče
    • Zdravotnická dokumentace
    • Poskytování informací
    • Ochrana osobních údajů
    • Pozitivní list
    • Služby v areálu
  • Komerční služby
    • Masáže pro veřejnost
    • Dárkové poukazy
    • Oční laser
    • Centrum transferu biomedicínských technologií
    • Laser centrum a samostatná
      pracoviště laseru
    • Plastická chirurgie
    • Pro vaše krásné zuby
    • Maminky a ženy
    • Oddělení tělovýchovného lékařství
    • Centrum očkování a cestovní medicíny
    • Pracovnělékařské služby
    • Ambulance akupunktury
    • Reprocentrum
    • Nemocniční prádelna
  • Dodavatelé
    a partneři
    • Veřejné zakázky
    • Laboratorní příručky
    • Elektronické laboratorní výsledky
    • Odprodej majetku
    • Dárci a sponzoři
    • Smlouvy
    • Obchodní podmínky
    • Poptávková řízení
    • Důležité odkazy
    • Kontakty
  • Věda, výzkum, vzdělávání
    • Věda ve FN HK
    • Klinické hodnocení léčiv
    • Projekty EU, Norské fondy
    • Granty
    • Vzdělávání
    • Etická komise
    • Centrum transferu biomedicínských technologií
    • Centrum biomedicínského výzkumu
    • ATLS
    • PHTLS
  • O fakultní nemocnici
    • Kontakty
    • Management FN HK
    • Historie nemocnice
    • Další rozvoj
    • Výroční zprávy
    • Ekonomika
    • Pracoviště FN HK
    • Kariéra
    • Benefity pro zaměstnance
    • Den otevřených dveří a další akce
    • Program kvality a bezpečí
    • Certifikáty a ocenění
    • Protikorupční program FN HK
    • Ochrana osobních údajů
    • Politika zabezpečení informaci
    • Česká asociace sester
    • Foto a video galerie
    • Pro média
    • Časopis SCAN
    • Pro zaměstnance
    • Prohlášení o přístupnosti

Počítačová chemie a bioinformatika

Počítačová chemie a bioinformatika

Pracovní skupina se zabývá využitím počítačových technologií při vývoji širokého spektra potenciálních léčiv. Mezi rutinně prováděné činnosti patří v první řadě molekulárně mechanické a kvantově chemické výpočty. Nejvýznamnějšími molekulárně mechanickými úlohami, kterými se na našem pracovišti zabýváme, jsou flexibilní molekulární docking, molekulární dynamika a strukturně založený virtuální screening. Dále rovněž provádíme na úrovni molekulární mechaniky konformační analýzu chemických modelů, jejíž výsledky jsou předstupněm náročných kvantově chemických výpočtů. Z množiny dostupných kvantově chemických výpočtových metod aplikujeme především ty metody, které jsou založené na teorii funkcionálu elektronové hustoty (DFT), obzvláště pak hybridní varianty kombinující např. Beckův funkcionál výměnné elektronové energie s exaktní energií z Hartree-Fockovy teorie (např. B3LYP). Výsledné kvantově-chemické modely slouží především k odvození kvantově-chemických deskriptorů a následnému studiu vztahů mezi strukturou a aktivitou metodami QSAR (quantitative structure-activity relationships). Pro výpočty kvantově chemických deskriptorů a QSAR, popř. 3D QSAR, analýzy vyvíjíme vlastní algoritmy a počítačové programy.

Data nashromážděná ve fázi chemických výpočtů jsou analyzována nejrůznějšími nástroji data miningu, přizpůsobenými potřebám bioinformatiky. Pro rozsáhlá data o potenciálních léčivech jsou vytvářeny strukturované databáze na platformě MySQL, a tato data jsou zpracována např. metodami ligandově založeného virtuálního screeningu. Filtraci databáze ligandů provádíme např. podle pravidel Lipinského v kombinaci s hledáním strukturních podobností vzhledem k vybrané předlohové látce (tzv. lead structure). Další metody data miningu jsou zastoupeny statistickými nástroji, jako je několikanásobná lineární regrese (MLR), regrese částečně nejmenších čtverců (PLS), analýza základních komponent (PCA), shluková analýza (CA) a umělé neuronové sítě (ANN). Získané statistické modely jsou řádně validovány (např. pomocí krosvalidace a kontroly predikce závisle proměnné v externím setu látek) a následně využity při návrhu nových potenciálně bioaktivních struktur.

V oblasti racionálního designu léčiv s využitím moderních počítačových tehnologií (virtuální screening, paralelní a distribuované výpočty, atd.), v SAR/QSAR studiích a v aplikované počítačové chemii nabízíme spolupráci. Vítaná je především spolupráce s inovativními pracovními skupinami, které hledají nové předlohové struktury, a mají možnost provádět jak organickou syntézu, tak sofistikovanou biologickou analýzu.


Využívané aplikace:
Gaussian, Matlab, Statistica, AutoDock Vina, Gromacs, PyMOL, Schrödinger, HyperChem, Spartan, aj.

Spolupracující počítačová centra:
FIM UHK, MetaCentrum, IT4Innovations.

For English version click here


Počítačová chemie a bioinformatika

 
Počítačová chemie a bioinformatika

 
Počítačová chemie a bioinformatika

Správa FN HK

  • Představení pracoviště
  • Personální složení
  • Laboratoře
    • Chemická syntéza
    • Biochemie a molekulární biologie
    • Tkáňové kultury
    • Proteomika
    • Analytická chemie a farmakologie
    • Počítačová chemie a bioinformatika
  • Pracovní skupiny
  • Spolupráce
  • Kontakt
  • Granty
  • Publikační činnost CBV
  • Fotogalerie
Ministerstvo zdravotnictví České Republiky Akreditace, program kvality
Prohlášení o přístupnosti © Copyright 2019 FN HK. Všechna práva vyhrazena. | webmaster