Dětská klinika byla založena v roce 1946. Zpočátku ji tvořilo několik jednotlivých oddělení, rozmístěných ve více budovách nemocnice. O jejich sloučení se významně zasloužil první přednosta dětské kliniky, prof. MUDr Jiří Blecha, DrSc. Především díky jeho úsilí byla v roce 1954 otevřena ambulantní a v roce 1957 i lůžková část nově vybudovaného pavilonu. Do téže budovy bylo umístěno také oddělení dětské chirurgie, které vedl prof. MUDr. Hvězdoslav Stefan, CSc. Uspořádání ve formě pavilonu umožnilo zřídit zvláštní rentgenové pracoviště a poskytnout prostory i pro dětskou rehabilitační péči. Postupně docházelo k rozvoji řady specializovaných pediatrických oborů a za přímé podpory prof. Blechy vznikaly obory nové, například lékařská genetika nebo laboratoř pro vyšetřování dědičných vrozených poruch metabolismu. Rozvíjela se úzká spolupráce s terénními pediatry a primáři dětských oddělení nemocnic celého kraje.
Po odchodu prof. Blechy zastával od roku 1972 místo přednosty prof. MUDr. Vladimír Plachý, CSc. který se po odborné stránce soustředil na problematiku výživy a péči o nemocné s cytomegalovirovou infekcí. Během jeho vedení došlo v roce 1975 ke vzniku jednotky intenzivní péče pro novorozence a posléze v roce 1981 také zahájila činnost jednotka intenzivní péče pro kojence a větší děti. Kvalita péče o děti s chronickým onemocněním gastrointestinálního a uropoetického traktu, oběhového ústrojí, pojivových tkání a s onkologickou problematikou se prohlubovala, moderní zobrazovací metody přinesly zlepšení diagnostiky.
Nástupcem prof. Plachého se v roce 1981 stal doc. MUDr. Miroslav Frank, CSc., jehož předmětem zájmu byla dětská kardiologie.
V září 1989 zaujala místo přednosty dětské kliniky doc. MUDr Eva Pařízková, CSc. Během jejího působení se v souhlasu se světovými trendy pozitivně změnil přístup k dětem i rodičům a klinika také prošla dlouhodobou postupnou modernizací a rekonstrukcí. Narůstá ambulantní složka, zkracuje se doba pobytu nemocných na lůžku a stoupá úroveň intenzivní a resuscitační péče o novorozené i starší děti.
Na klinice probíhá řada výzkumných aktivit a realizují se projekty, zabývající se chronickými chorobami gastrointestinálního traktu, endokrinopatiemi, nefropatiemi, diagnostikou alergických onemocnění a sledováním dětí s nízkou porodní hmotností.
Všechna oddělení kliniky slouží současně jako výukové pracoviště pro lékařskou fakultu a zdravotní školu. Výuka pediatrie studentů magisterského studia všeobecného či zubního lékařství je doplněna výukou zahraničních studentů v angličtině, rozšiřují se možnosti bakalářského studia.
V letech 2008 - 2015 byl přednostou kliniky prof. MUDr. Milan Bayer, CSc. Za jeho působení prošla klinika v letech 2012-2013 zatím největší rekonstrukcí týkající se celé budovy. Vnější vzhled budovy se zásadním způsobem změnil, byly postaveny nové výtahy a evakuační schodiště, které navíc zvyšují estetickou úroveň budovy a dodávají jí moderní desingnové prvky. Z vnitřních úprav doznala pak největších změn JIRP pro novorozence, která získala v roce 2013 větší a kompletně modernizované prostory. Klinika tak dostala zázemí k poskytování péče na úrovni třetího tisíciletí a k jejímu dalšímu rozvoji.
Od ledna 2016 stojí v čele kliniky Doc. MUDr. Sylva Skálová, Ph.D.