V roce 1945 bylo v tehdy novém chirurgickém pavilonu v okresní nemocnici v Hradci Králové zřízeno první RTG oddělení, pod vedením prim. MUDr. Otakara Müllera, které se zabývalo rentgenovou diagnostikou i terapií. K dispozici byl jeden ortovoltážní přístroj pro hloubkovou terapii.
V souvislosti se vznikem hradecké lékařské fakulty byl v roce 1946 ustanoven do funkce vedoucího lékaře RTG oddělení prof. MUDr. Jan Baštecký, DrSc. (1899-1979). Přednostou radiologické kliniky a katedry LF UK v Hradci Králové byl jmenován v říjnu 1947 a v tomto roce také do nemocnice fakticky nastoupil. Oficiálně bylo pracoviště ustaveno 1. 1. 1948, dva roky po založení hradecké fakulty.
Profesor Baštecký, rentgenolog světového formátu, byl jedním z posledních odborníků, kteří obsáhli současně radiodiagnostiku, radioterapii a nukleární medicínu. Přestože byl odborně orientován především na diagnostiku, se stejným zaujetím se věnoval i radioterapii a vybudoval špičkové pracoviště tohoto typu. Od roku 1950 byla radioterapie zajišťována ambulantně v rekonstruovaném suterénu gynekologické kliniky. O rok později byla zprovozněna lůžková část v provizorní přízemní budově, přistavěné zezadu ke gynekologické klinice. Vybavení sestávalo ze čtyř hloubkových rentgenových ozařovačů (dva pro statickou terapii značky Tesla a dva pro pohybovou terapii značky Tesla a Müller), jednoho přístroje pro povrchovou terapii a jednoho pro kontaktní ozařování. Pro intrakavitární, intersticiální a povrchovou brachyterapii byly od roku 1952 k dispozici rádiové zářiče.
Na konci 50. let se ve spolupráci s neurochirurgickou klinikou (prof. Rudolf Petr) začaly používat izotopy fosforu a ytria k radiační hypofyzektomii. Jako první pracoviště v zemi začalo radioterapeutické oddělení v roce 1958 využívat vysokoenergetického záření (kobaltová bomba GUT 400 sovětské výroby). Později byla instalována kobaltová bomba československé provenience (Chisobalt B 75, Chirana, 1966). Vyvrcholením modernizace pracoviště bylo zprovoznění prvního betatronu v Československu v roce 1961. Původně instalovaný přístroj byl průmyslový betatron adaptovaný pro využití v medicíně. O dva roky později byl nahrazen přístrojem vyvinutým výhradně pro humánní radioterapii.
Na přelomu 40. a 50. let se v komplexní léčbě zhoubných nádorů začala uplatňovat také cytostatika. Nejprve to byl dusíkatý yperit, později cyklofosfamid, melfalan a další látky. Již v 60. letech se na klinice prováděla regionální intraarteriální chemoterapie. Pana profesora Bašteckého právem považujeme za zakladatele moderní radioterapie a onkologie u nás. Jako první v zemi začal používat vysokoenergetické záření a zavedl protinádorovou chemoterapii u solidních tumorů. Publikoval o plicní rakovině a mozkových nádorech. Profesor Baštecký, člen korespondent Československé akademie věd, odešel do důchodu v roce 1971, ale na klinice pracoval až do své smrti v roce 1979.
V roce 1971 převzal vedení radiologické kliniky prof. MUDr. Leo Steinhart, DrSc., člen korespondent ČSAV a rentgenolog světového jména. V čele samostatně fungujícího radioterapeutického oddělení kliniky stanul doc. MUDr. Zdeněk Chvojka, DrSc. (1921-1995).
V roce 1975 byl starý betatron obměněn za moderní typ švýcarské výroby (Asklepitron, Brown Boveri) a od roku 1989 byl k plánování radioterapie využíván dvojdimenzionální počítačový plánovací systém. Za moderní přístrojovou technikou výrazně pokulhávalo vybavení prostorové. Pacienti byli hospitalizováni a léčeni v nevyhovující přízemní budově, která byla původně koncipována jako provizorium zhruba na 10 let. První vážnější úvahy o stavbě nové budovy pro radioterapii a onkologii se objevily koncem 80. let, ale nebyly korunovány úspěchem. Ve druhé polovině 80. let vzniklo ve fakultní nemocnici samostatné oddělení klinické onkologie pod vedením prim. MUDr. Jiřího Kubíčka, CSc. Radioterapie a klinická onkologie tak fungovaly paralelně jako dva relativně nezávislé celky, což bylo do jisté míry odrazem situace na úrovni odborných společností. V roce 1991 se radioterapie oddělila od radiodiagnostiky a vznikla samostatná klinika.
Publikační činnost docenta Chvojky souvisela především s provozem moderního betatronu. Habilitoval se prací o využití vysokoenergetického záření v léčbě nádorů a na tomto poli dosáhl významných vědeckých úspěchů. Doc. Chvojka byl přednostou kliniky do roku 1993 (s výjimkou čtyřměsíčního období na přelomu let 1990 a 1991, kdy pracoviště vedl MUDr. Jaroslav Vaňásek, CSc.), zemřel v roce 1995.
1.5.1993 nastoupil do funkce přednosty kliniky doc. MUDr. Jaroslav Vaňásek, CSc. (*1952), který se významnou měrou zasloužil o prosazení realizace výstavby nového onkologického pavilonu. V letech 1994-1997 došlo ještě ve staré budově k modernizaci přístrojového vybavení. Byl zakoupen třídimenzionální plánovací systém (Cadplan, Varian), simulátor (Ximatron CX, Varian), zařízení pro výrobu individuálních bloků (ACD 3), afterloadingový přístroj pro brachyterapii s vysokým dávkovým příkonem (Gammamed 12i, Isotopen-Technik Dr. Sauerwein) a vybavení pro dozimetrii.
V polovině 90. let došlo také ke sjednocení oddělení klinické onkologie a kliniky onkologie a radioterapie.
V roce 1997 byla dokončena výstavba nového onkologického pavilonu, do kterého se přesunula tři pracoviště: klinika onkologie a radioterapie, oddělení klinické hematologie a oddělení nukleární medicíny. Pacienti s nádorovým onemocněním se tak po dlouhých letech dočkali důstojného prostředí v nové budově. Zároveň byla dokončena inovace přístrojového vybavení pro radioterapii. K zevnímu ozařování slouží dva lineární urychlovače (Clinac 600C a Clinac 2100C, Varian) a vzájemné propojení simulátoru, plánovacího systému a urychlovačů zajišťuje verifikační systém (Varis, Varian). Po jednom přístroji je k dispozici pro povrchovou (RT 100, Philips) a povrchovou a hloubkovou RTG terapii (Therapax SXT 225, Pantak). Ve vhodných indikacích je radioterapie kombinována s ultrazvukovou hypertermií (Sonotherm 1000, Labthermics Technologies).
Pro ambulantní chemoterapii byl vybudován moderní stacionář (boxy s laminárním prouděním pro ředění cytostatik, infúzní pumpy).
V roce 1998 bylo ve Fakultní nemocnici v Hradci Králové zřízeno Onkologické centrum, jehož koordinátorem se stal vedoucí oddělení klinické hematologie prof. MUDr. Jaroslav Malý, CSc. Onkologické centrum je garantem komplexní péče o pacienty se zhoubnými nádory a zajišťuje multidisciplinární spolupráci, koordinační a metodickou činnost. Odborná a publikační aktivita doc. Vaňáska byla zaměřena na radioterapii maligních lymfomů a vysokodávkovanou chemoterapii. Pod jeho vedením dosáhla klinika řady vědeckých priorit (konformní radioterapie karcinomu prostaty, brachyterapie žlučových cest, cévních restenóz a mozkových nádorů, vysokodávkovaná chemoterapie u solidních tumorů). Doc. MUDr. Jaroslav Vaňásek, CSc. vykonával funkci přednosty kliniky do roku 1999.
Od 1.10.1999 je v čele Kliniky onkologie a radioterapie Prof. MUDr. Jiří Petera, Ph.D.
Prof. Petera zároveň vykonával funkci předsedy Společnosti radiační onkologie, biologie a fyziky České lékařské společnosti JEP a je členem výboru České onkologické společnosti a členem Výboru pro vzdělávání v radiační onkologii Evropské společnosti radiační onkologie (ESTRO). Je vedoucím komplexního onkologického centra FN Hradec Králové a koordinační onkologické skupiny Královéhradecko.
Díky excelentní spolupráci s ostatními klinikami FN Hradec Králové se podařilo pozdvihnout na kvalitativně vyšší stupeň interdisciplinární spolupráci v léčbě onkologických pacientů. Klinika zároveň systematicky spolupracuje s ostatními onkologickými pracovišti v Královéhradeckém kraji.
Klinika dbá o proporcionální rozvoj radiační onkologie, klinické onkologie a laboratorního výzkumu. Klinika disponuje 2 novými lineárními urychlovači, CT simulátorem a plánovacím PET-CT k preciznímu naplánování zevní radioterapie. Kromě klasické konformní radioterapie byla zavedena řada nových léčebných postupů:
Intenzivně je v léčbě onkologických nemocných využívána i brachyterapie. Tato metoda je založena na zavádění zdrojů záření přímo do nádoru, jeho bezprostřední blízkosti nebo do lůžka nádoru po operaci. Výhodou je vysoká pravděpodobnost vyléčení nádoru bez poškození zdravých tkání. Nejčastějšími indikacemi jsou gynekologické malignity, nádorů dutiny ústní, nádory prsu, sarkomy měkkých tkání, časné nádory penisu, nádory plic, jícnu, konečníku, žlučových cest.
Na pracovišti je podávána veškerá dostupná systémová protinádorová léčba (hormonální léčba, chemoterapie, biologická léčba, imunoterapie), včetně léků vázaných na komplexní onkologická centra. Od roku 2009 je k dispozici centrální ředění cytostatik.
Klinika má vypracovaný strukturální program paliativní péče.
V rámci výzkumného záměru Ministerstva zdravotnictví 00179906 probíhá intenzivní výzkum využití molekulárních prediktorů pro hodnocení individuální citlivosti na léčbu zářením a vývoj nových technik radioterapie. Klinika je řešitelem několika grantů a řady klinických studií nových onkologických léků, dále participuje na evropských studiích EORTC. Několik let je v počtu zahraničních publikací na prvním místě mezi klinickými pracovišti FN a LF Hradec Králové.
Na klinice probíhá rovněž výuka studentů lékařské fakulty a doktorský studijní program Klinická a radiační onkologie, pro který byla získána akreditace v roce 2006.
Od roku 1999 vzrostl počet pacientů o více než 30 %, řada z nich je mimoregionálních i zahraničních. V souvislosti s tím se zvýšil počet lékařů z 16 na 26. Z toho tři mají titul profesor, dva docent a 9 lékařů má titul Ph.D. Dalších 10 lékařů a 2 radiologičtí fyzici jsou v přípravě na získání PhD.